Munaqosah merupakan program dari Departemen Pendidikan Pondok Pesantren Assalafie Babakan Ciwaringi Cirebon yang bergerak di bidang saintifik. Munaqosah ini di bentuk sejak tahun 2018 M yang di gagas oleh ketua Departemen Pendidikan pada masa itu. Dan sesuai kalender akademik Pondok Pesantren Assalafie Babakan Ciwaringin Cirebon, setiap tanggal 1 Rojab akan di gelar kegiatan munaqosah yang bertujuan untuk mengetahui serta mengevaluasi hasil belajar santri selama satu ini.
Dan alhamdulillah pada tahun sekarang telah di laksanakan kembali kegiatan munaqosah yang bertempat di mushola Assalafie dan di jerambah mushola. selain untuk mengevaluasi hasil belajar santri, munaqosah ini juga menjadi syarat kenaikan pengajian halaqoh (Durus Nasy’ah Lailah) yang sudah di tetapkan oleh Departemen Pendidikan Pondok Pesantren Assalafie Babakan Ciwaringin Cirebon.
Diantara yang di uji dalam munaqosah ini yaitu kelancaran pembacaan kitab kuning, muhafadzoh Awamil Aljurjani, Amriti dan Alfiyah Ibnu Malik (sesuai tingkatanya masing-masing), serta muhafadzoh Al-Qur’an yang sudah di tentukan oleh Departemen Pendidikan.
