Pengajian Al-Qur’an sebagai Program Pondok Pesantren yang Maqshudul ‘adzomnya adalah santri harus bisa membaca Al-Qur’an dengan benar dan Fashih. Pengajian Alqur’an ada 5 tahap kartu :
- Kartu kuning yang bermaksud untuk menghafal surat Alfatihah dan do’a -do’a diantaranya seperti do’a iftitah do’a qunut do’a tahiyat (Tasyahud) akhir dengan benar dan fasih.
- Kartu putih tujuanya agar para santri membaca juz ‘amma dengan teliti jangan sampai salah dalam membacanya baik dari segi tajwid makhorijul huruf dan sifat – sifatnya huruf.
- Kartu hijau bertujuan agar para santri membaca mengulang dan melancarkan bacaan – bacaan yang masih sulit atau belum lancar.
- Kartu merah bertujuan santri di tekankan untuk menghafal mulai dari surat Alfatihah sampai surat Annaba’.
- Kartu biru tanda santri sudah di perbolehkan mengaji tingkatan Alqur’an dari juz 1 sampai juz 30.
Visi dan Misinya berupaya agar santri bisa membaca Alqur’an dengan tartil yaitu sesuai dengan kaidah ilmu tajwid, dan menciptakan generasi bangsa cinta Alqur’an serta menjunjung tinggi kesucian Alqur’an dari segi bacaan yang shahih (Standar) sesuai dengan kaidah ilmu tajwid, menyebarkan ilmu dan kebaikan walaupun satu ayat atau lebih ,
meningkatkan Kwalitas santri yang gemar mempelajari Alqur’an dan mengamalkan Alqur’an dalam kehidupan sehari – hari.
Untuk waktu pengajiannya di mulai dari jam 19:00 sampai jam 19:45 ini khusus pengajian Juz amma dan Alqur’an yang masih juz 1 sampai juz 5, dan untuk waktu pengajiaan Alqur’an di mulai dari jam 21:00 sampai jam 22:00 ini untuk juz 16 sampai juz 30, dan untuk pengajian Alqur’an santri MHS malam waktunya jam 15:00 sampai jam 16:00.
Sehingga dengan pijakan pentingnya Al-Qur’an, maka Sub. Bidang Al-Qur’an dan Juz ‘Amma , menyiapkan 35 Mudaris.